Σε ριζική αναδιοργάνωση των φορέων προστασίας και διαχείρισης του περιβάλλοντος προχωρά το αρμόδιο υπουργείο. Το περίγραμμα των αλλαγών παρουσίασε σε συνάντηση με εκπροσώπους οικολογικών οργανώσεων ο υπουργός Περιβάλλοντος Κωστής Χατζηδάκης. Οι επικείμενες αλλαγές περιλαμβάνονται σε σχέδιο νόμου που σύντομα θα οδεύσει προς τη βουλή. Τη θέση των σημερινών φορέων διαχείρισης θα πάρουν τμήματα και επιτροπές που θα υπάγονται στην Περιφέρεια. Συντονιστικό ρόλο θα έχει ένας ενιαίος κεντρικός φορέας. Η στελέχωση των νέων υπηρεσιών -σύμφωνα με το υπουργείο- θα γίνει μέσω αξιολόγησης βάσει κριτηρίων ΑΣΕΠ.
Στην Ήπειρο της οποίας σχεδόν η μισή έκταση είναι ενταγμένη σε καθεστώς προστασίας NATURA, δραστηριοποιούνται σήμερα 5 φορείς διαχείρισης.