Ένα σημαντικό έργο αναδόμησης του οικοσυστήματος της λίμνης Κάρλα είναι σε εξέλιξη με σκοπό να βελτιωθεί η ποιότητα των νερών της λίμνης, που είναι γνωστή από την αρχαιότητα ακόμα (2.500 π.Χ.) με το όνομα Βοιβηίς.
Το μεγάλο πρόβλημα της ποιότητας των υδάτων, που γεμίζουν ξανά τη λεκάνη της Κάρλας στην περιοχή του Βόλου προέκυψε επειδή τα νερά προέρχονται κυρίως από τον μολυσμένο Πηνειό και τα γύρω ρέματα που δέχονται γεωργικά και βιομηχανικά απόβλητα. Το ζητούμενο για την ανανέωση του οικοσυστήματος της νέας Κάρλας είναι να συμβάλλει στην περιβαλλοντική αναβάθμιση της περιοχής και όχι να αποτελέσει ένα ακόμη προβληματικό και ρυπογόνο ταμιευτήρα νερού, που μακροπρόθεσμα θα προκαλέσει προβλήματα τόσο στον Παγασητικό κόλπο, όσο και στον υδροφόρο ορίζοντα.